Thursday, October 20, 2005

Study: What to do next?

Now, I think I cannot defend my thesis within deadline for sure. My advisor told me that he needs to edit it heavily. My English writing skill is horrible. I really need to do something about it. However, there is good news in that bad news. He edits my thesis heavily because he thinks that there are many new things in my thesis and can get publication out of it. Since I do not have much experience in this field, I do not know if my thesis contains any new things or not.

So, what I need to do is to work as hard as possible, of course. This is a very lesson for me. You cannot be lazy because things in life is so unpredictable. Work hard today and will not regret later.

Okay, that's enough. Let's look at the things I need to do then.
  1. Segment the unhealthy lymph node in case p2h024 and h008
    Need to learn how to use live-wire
    Need to convert Kungkou's ROI data to binary mask for subtraction
    Man, I did check it out. ROISurfaceWriter modify ROI data a little bit, but I have no idea how to programatically know whether the file is modified or not. For original ROI data, the number of voxel of the first ROI is located at bytes 77-80 (the number of ROIs is at bytes 59-60). For modified ROI, the location is at bytes 86-89. But how can I know if it is modified or not?

    Yeah, I got it. We can know about modification programatically by looking at the name length of an ROI. If the length is greater than zero, it is modified and we skip reading the name area. That's it.

    Note that I mentioned about the information location of the number of voxels because voxel coordinates follow the number immediately and the number of voxels is computable and can be used for verification.

    Now (Oct 26, 2005), I found that problem in p2h024 does not come from the nodule station 4 or at least the nodule is not the only major factor. I found that by changing optimization parameters we can achieve good result. The optimization parameters include
    • wa1 = 1.5
    • wa2 = 183.3
    • wa3 = 44.17
    • The encouraging denominator for model augmentation is 12.5, instead of 2.5 in normal case.
    • The optimized affine parameters are
      Affine Transform Parmeters :
      Z Axis (radian): 0.307386965
      X Axis (radian): 0.
      Y Axis (radian): 0.34906587
      X Scale : 1.2376132
      Y Scale : 1.15778553
      Z Scale : 1.00098896
      X Translation : -7.0258193
      Y Translation : 5.23104668
      Z Translation : 32.5653343

      Notice that X and Y scaling factors are very large. Probably, this patient has very long span for aortic arch. The next thing I am going to do is to test this optimization parameters with p2h024 with the nodule station included. If the optimization succeeds, we can conclude that the nodule does not cause any trouble to our method; i.e., it is the matter of optimization only.

      บทเรียนวันนี้ (Oct 26, 2005)
      อ ่า พึ่งรู้ตัวเมื่อสักครู่เองว่าเราเข้าใจอะไรผิดไปบางอย่างเกี่ยวกับการหมุนแก น. ตอนแรกเราคิดว่าถ้าหากเรามีจุดสองจุดคือ (x1, y1, z0) และ (x2, y2, z0) แล้วถ้าจากนั้นทำการหมุนรอบแกน y เราก็น่าจะได้ค่าใหม่ที่เป็น (x1', y1', z0') และ (x2', y2', z0'). แต่ปรากฏว่านั่นเป็นความเข้าใจที่ผิด เพราะถึงแม้ว่าในตอนก่อนหมุนจุดสองจุดนั้นจะมีค่า z ที่เท่ากันคือ z0 แต่นั่นก็ไม่ได้หมายความว่าหมุนแล้วมันจะเท่ากันได้. ตอนแรกเราคิดว่ามันเท่ากันเพราะว่าโมเดลเส้นลวดที่เราเอามาใช้มันดันให้ผลแบ บนั้นพอดี นั่นคือ x1 = x2 ด้วย. ในความเป็นจริงถ้าหากว่าค่า x กับ z มันเท่ากัน หมุนรอบแกน y ยังไงเราก็จะยังได้ค่าที่เท่ากันอยู่นั่นแหละ (ทั้ง x และ z) เลย. สาเหตุที่มันจะเท่ากันดูได้ง่ายๆจากสมการการหมุนรอบแกน y ที่ว่า
      x' = x cos( a ) - z sin( a )
      z' = x sin( a ) + z cos( a )

      ดังนั้น ถ้าหากว่า x1 = x2 และ z1 = z2 แล้วล่ะก็หมุนออกมามันก็จะได้อะไรที่เท่ากันแน่ๆ

  2. Writing thesis
    • the cookbook of model building
    • numerical data of affine transform parameters obtained
    • stopping criteria for region growing
    • Relation of carina position and crucial point
    • How to control affine transform parameter (translation size)
    • Angular constraints are still measured by voxel coordinate. This should be fixed.

      1. ล็อกไฟล์ของ PA ทำไมยังไม่สมบูรณ์
      2. Span ของ test cases ที่วัดด้วยมือมีขนาดเท่าไหร่
      3. Local fitting ของ aorta สร้างผลต่างได้แค่ไหน ใช้เวลาเท่าไหร่ เอาออกไปดีไหม (ทำแล้ว Oct 28, 2005 แต่คิดว่าอาจต้องใส่ลงไปตรงบทสรุปอีกครั้ง)
      4. แล้วข้อมูลเกี่ยวกับการทำ model fitting ของ PA ล่ะ ทำไมไม่โชว์

        จ ากคำถามพวกนี้เราเห็นได้ชัดว่าเราต้อง 1. วัดขนาด span ด้วยมือ 2. จัดทำ log file ใหม่ให้สมบูรณ์ 3. เก็บรายละเีอียดของ local optimization ให้ครบ

  3. Set up web for recording programming and important stuff. I'm really forgetful indeed.
    • Getting www network path
    • Setting new redirection path
    • Just use ms word to write and put it to the web. Simple but effective

  4. Reading CSE530 for exam and preparing for candidacy exam too

No comments: